Деревня Ватутинки по писцовым книгам 1627—1628 гг. Московского уезда, в Сосенском стану значится: «за князем Петром Александровым, сыном Репниным, что было за отцом его князем Александром, в поместье половина пустоши Ватутино, Яковлевская тож, на речке на Десне, а другая половина той же пустоши за стряпчим Андреем Степановым сыном Чепчуговым, что было за отцом его за Степаном Мироновым сыном Чепчуговым».

В «Экономических примечаниях к Генеральному межеванию Московской губернии за 17761781 гг.» дается следующее описание села: «Село Богородское-Ватутинки с пустошью, Василия Борисова сына Толстого и с выделенною церковною землею — 29 дворов, 90 мужчин, 92 женщины, 417 десятин 1804 саженей земли. Село на правом берегу реки Десны, церковь каменная Тихвинской Пресвятой Богородицы, дом господский деревянный».

14 июня 1941 года в Ватутинках вступил в строй приёмный радиоцентр и начал проводить пробные сеансы радиосвязи, 21 июня 1941 года часть радиосвязи из приёмного центра Тарасовка была переведена на приёмный радиоцентр Ватутинки, но 25 июня был получен приказ об эвакуации радиоцентра из Ватутинок, так как посёлок оказался близок к фронту.

В январе 1942 года личный состав приёмного центра вернулся из эвакуации в Ватутинки, и уже через несколько месяцев радиоцентр заработал во всю мощь.

Надо сказать, что с 1943 года работы по строительству жилых домов в Ватутинках были приостановлены, но командованием было принято решение разместить в посёлке третий отдельный полк связи резерва Военно-Воздушных Сил.

Современные Ватутинки — это посёлок, в котором свыше 50 жилых домов, средняя школа, амбулатория, школа искусств, два детских сада, сеть магазинов, почта, сбербанк, дом культуры и многое другое.